Clasificación de variantes

Para un diagnóstico genético fiable

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Clasificación de variantes

Una parte crítica del proceso diagnóstico

La clasificación de variantes es la base de un correcto diagnóstico genético, ya que es crucial para la toma de decisiones por parte de los expertos clínicos, impactando en el tratamiento y el asesoramiento genético del paciente y sus familiares.

Por ello, disponer de información actualizada de bases de datos genéticas internacionales y propias, así como de bibliogratia médico-cientifica, es vital para poder llegar a una conclusión certera y fiable en cuanto a la posible patogenicidad de cada variante genética. Una clasificación incorrecta puede orientar erróneamente el diagnóstico del paciente e incluso tener consecuencias graves en la estratificación del riesgo entre los familiares.

En Reference Laboratory clasificamos las variantes en base a las recomendaciones del American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Se trata de un tipo de evaluación cualitativa con 28 criterios de clasificación, a los que se les asigna mayor o menor evidencia de patogenicidad o benignidad (Muy sólida/ Sólida/Moderada/Apoyo). Para aportar cierto grado de flexibilidad, existe la posibilidad de incrementar o disminuir el peso de una evidencia siguiendo el criterio y experiencia del propio profesional.

Según esta guía se pueden clasificar las variantes en 5 clases:

Variante Benigna (Clase 1)

Variante Probablemente Benigna (Clase 2)

Variante de Significado clínico Incierto (Clase 3)

Variante Probablemente Patogénica (Clase 4)

Variante Patogénica (Clase 5)

En nuestros informes de resultados, únicamente se reportan las variantes que en base a la información actual son consideradas variantes patogénicas, probablemente patogénicas o de significado clínico incierto y están relacionadas con la sospecha del diagnóstico clínico. En caso que sea de interés, el listado completo de variantes identificadas está disponible bajo petición.

Además de seguir las recomendaciones del ACMG, evaluamos las variantes según las evidencias disponibles en:

  • RefLab Database®, nuestra base de datos de variantes genéticas.
  • Base de datos de Frecuencia poblacional: 1000 Genomas, dbSNP, ExAC y gnomAD.
  • Base de datos clínicas: OMIM, Genereviews, Orphanet, Human Gene Mutation Database (HGMD), ClinVar, LOVD y Human Phenotype Ontology (HPO).
  • Base de datos específicas de la enfermedad.
  • Algoritmos ‘in silico’ de predicción funcional y de splicing de la proteína: Mutation Taster, SIFT,
    PolyPhen-2, Human Splicing Finder, MaxEntScan, NNSplice.
  • Bibliografía relevante: PubMed y literatura científica.

Servicio de reclasificación de variantes

El campo de la genética clínica está en constante crecimiento y cada día se descubren nuevos genes, nuevas variantes y nuevas evidencias relacionas con variantes previamente descritas. En Reference Laboratory, somos conscientes de lo rápido se dan estos avances y creemos que ofrecer información de calidad y actualizada es vital para que los profesionales sanitarios puedan tomar decisiones informadas. Por ello, realizamos un seguimiento proactivo de las variantes detectadas en nuestros estudios genéticos. Somos conscientes que la aparición de nuevas evidencias nos puede ayudar a establecer una mejor correlación genotipo-fenotipo, sobre todo para aquellas variantes no concluyentes (Probablemente Patogénicas, de Significado clínico Incierto o Probablemente benignas).

Nuestro sistema de reclasificación de variantes se basa en la revisión de los datos disponibles en nuevas publicaciones y en actualizaciones de RefLab Database y bases de datos externas (clínicas, de frecuencia poblacional o específicas para una enfermedad). Tan pronto como una nueva evidencia genética está disponible, la compartimos con el profesional sanitario prescriptor.

Los estudios de segregación familiar o la identificación en un nuevo paciente de una variante previamente descrita en uno de nuestros casos, son también una importante vía de detección para una posible reclasificación de una variante.

RefLab Database®

Información detallada sobre millones de
variantes genéticas validadas por nuestros expertos

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