La aplicación de los aCGH en el diagnóstico genético prenatal permite una identificación rápida y fiable de alteraciones crípticas para el cariotipo convencional. Por ello, también se recomienda el empleo de los aCGH como prueba diagnóstica de primera elección en embarazos en los que exista una indicación médica precisa que justifique un procedimiento invasivo, principalmente cuando se observan alteraciones ecográficas.
Los aCGH empleados en el diagnóstico genético prenatal están diseñados con una mayor resolución en las regiones genómicas asociadas a enfermedades conocidas, reduciendo los hallazgos sin significación clínica conocida.